Unit Kerja Pusat

• Puslitbang Bimas Agama dan Layanan Keagamaan
• Puslitbang Pendidikan dan Keagamaan
• Puslitbang Lektur, Khazanah Keagamaan, dan Manajemen Organisasi
• Pusdiklat Tenaga Administrasi
• Pusdiklat Tenaga Teknis Pendidikan dan Keagamaan

Unit Kerja Daerah

• BDK Aceh
• BDK Medan
• BDK Padang
• BDK Palembang
• BDK Jakarta
• BDK Bandung
• BDK Semarang
• BDK Surabaya
• BDK Banjarmasin
• BDK Manado
• BDK Denpasar
• BDK Makassar
• BDK Ambon
• BDK Papua
• BLA Makassar
• BLA Jakarta
• BLA Semarang